খন্দকার মোশতাক বঙ্গবন্ধুর রাজনীতিতে ছিলেন বিশ্বস্ত ভ্যানগার্ড।
খন্দকার মোশতাক রাজনীতিতে ১৯৪২ সালে যোগ দেন। তিনি আহমেদ যুক্তফ্রন্টের মনোনীত প্রার্থী হিসেবে পূর্ব পাকিস্তান প্রাদেশিক পরিষদের সদস্য নির্বাচিত হন ১৯৫৪ সালে।১৯৫৪ সালে তাকে কারাবরণ করতে হয় কারণ কেন্দ্রীয় সরকার ১৯৫৩ সালের আর্টিকেল ৯২-এ ব্যবহার করে যুক্তফ্রন্ট সরকার ভেঙ্গে দিয়েছিলেন। তিনি ১৯৫৫ সালে মুক্ত হয়ে আবার সংসদে যুক্তফ্রন্টের চিফ হুইপ হিসেবে নির্বাচিত হন। সামরিক শাসন জারি করার পর ১৯৫৮ সালে তিনি আবার বন্দি হন। ছয়-দফার সমর্থন করায় ১৯৬৬ সালে তাকে আবার কারাবরণ করতে হয়। ১৯৬৯ সালে দেশের আটটি রাজনৈতিক দল আইয়ুব বিরোধী গণতান্ত্রিক সংগ্রাম পরিষদ গঠন করলে তাতে খন্দকার মোশতাক আহমেদ পশ্চিম পাকিস্তান অংশের সমন্বয়ক ছিলেন। ১৯৬৯ সালে রাওয়ালপিন্ডিতে আইয়ুব খানের ডাকা গোল টেবিল বৈঠকে তিনি আওয়ামী লীগের প্রতিনিধি দলের সদস্য ছিলেন। ১৯৭০ সালের নির্বাচনে তিনি পাকিস্তান জাতীয় সংসদের সদস্য নির্বাচিত হন।